天草漁業協同組合は、平成17年4月1日に大矢野町漁業協同組合、上天草漁業協同組合、龍ヶ岳町漁業協同組合、あまくさ漁業協同組合、及び牛深市漁業協同組合の5漁協が合併した県下初の認定漁協であります。
　合併当初は組合員数5,768人（正組合員3,592人、准組合員2,176人）でしたが、平成28年3月末には4,108人（正組合員1,878人、准組合員2,230人）となり、11年間で28.8%の組合員が減少しました。
　合併に至っては、最近の漁獲不振、魚価安から管内漁業者の将来を考え、販売の流通、信用事業の継続の体質強化を図るため、平成16年4月から関係機関の指導の下に協議を重ね、わずか1年足らずで合併にこぎつけ新生漁協として誕生しました。
　管内漁場は周りを（有明海、不知火海、天草西海、東シナ海）4つの海に囲まれており、それぞれの海の特徴にあった漁業が営まれています。
　有明海では一本釣り、流し網、小型定置網等の漁船漁業が盛んです。又湾口域では素潜りによるウニ、アワビ、トサカノリ漁も行われています。
　不知火海では比較的湾性が強く波静かな特性を生かして、ブリ、マダイ等の魚類養殖が盛んに行われています。
　天草西海では多くの曽根や瀬が点在しており、暖海性の回遊魚や定着性の魚介類が豊富で一本釣り、小型底曳網、定置網などが盛んです。
又、近年牛深地先及び新和地先においてクロマグロの試験養殖が開始され平成22年度以降の出荷がなされています。
　尚、本渡、牛深においては地方卸売市場を開設しています。

　天草漁協は中央、上天草、牛深の3つの総合支所で構成され広範囲な流通が行われています。
　中央総合支所管内は8つの支所（中央総合、本渡、五和、苓北、天草町、﨑津、宮野河内、新和）から構成される有明海、不知火海、天草西海に囲まれており漁船漁業、採介藻漁業が盛んであり、不知火海では魚類養殖も盛んであるマダイ、アジ類、マダコ、コノシロ、アオリイカ、ウニ類、トサカノリ等を始め多種・多様な天然魚介類が水揚げされています。
　
　上天草総合支所管内は5つの支所（上天草総合（大矢野）、松島、姫戸、龍ヶ岳、御所浦）から構成される有明海、不知火海に囲まれており、小型定置網、一本釣り等の漁船漁業、不知火海における魚類養殖が盛んです。マダイ、マダコ、コノシロ、ハモ、ガザミ等多種・多様な天然魚介類が水揚げされています。養殖ではブリ、マダイ、トラフグ等が生産されています。
又自営事業では大矢野支所において養殖車エビが生産されており、歳末の贈答に好評を得ています。

　牛深総合支所管内は4つの支所（牛深総合、深海、久玉、魚貫）から構成され、県下唯一の第3種漁港を有し天草西海及び東シナ海における棒受け網・刺し網・一本釣り・シイラ網等漁船漁業が盛んで、県内外からのまき網船が入港し大量に水揚げされたイワシ類、アジ類、サバ類等の多獲性魚類の水産加工業（雑節等）が盛んに営まれています。
又、魚類養殖業も盛んで養殖魚としては、ブリ・マダイ・カンパチ等が生産されています。

　現在、各支所相互の情報交換を密にし集荷及び市場機能を集約することで流通の効率化を図ることに取組んでおり、天草の海から贈りものとして車エビ、ブリ、カンパチ、マダイ、トラフグ、キダコ、ウニ、水イカ、ヒオキ貝、サザエ、チリメン、アワビ、アジ、ガザミ、等海の幸をギフト販売、量販店等販売への推進及び天領アジ、黄金ハモ、んまか鯛、姫ガザミ、あまくさあじ、ひっぱりタコ等、ブランド化に向け販売事業の機能強化に努めているところであります。